Η ΝΑΥΣ αναλαμβάνει την Περιβαλλοντική αξιολόγηση της υπό μελέτη περιοχής, την ταυτοποίηση των ανθρωπογενών πιέσεων & δράσεων, καθώς επίσης και τον προσδιορισμό των κύριων προβλημάτων. Ο σχεδιασμός διεξάγεται μέσα από Προτάσεις – Μέτρα – Δημόσια διαβούλευση – Διαχειριστικές δράσεις με εξειδίκευση στους ακόλουθους τομείς:
- Προστατευόμενες περιοχές και περιοχές με ειδικό καθεστώς διατήρησης
- Παραποτάμια και παρόχθια ζώνη
- Παράκτια Ζώνη